ゼロに付き従う謎の少年ロロ。ゼロの作戦に否定的な反応を見せるベニオに対し、ロロは快く思わない。そんなロロを不審に思うサヴィトリは、ベニオがロロに呼び出されたことに対し、一抹の不安を覚えた。

　捕らわれたカレンの穴を埋めるべく専用KMF紅鬼灯を与えられたベニオ。零番隊であるベニオはゼロとともにブリタニアの研究施設を強襲する。しかし、そこで行われた虐殺行為にベニオは疑問を持ち、塞ぎ込んでしまう。

　カレンも捕らわれ、天帝八十八陵に追い詰められたゼロたち黒の騎士団。中華連邦の大宦官らは天子もろともこれを葬ろうとする。最初から天子を救う気などなかった大宦官らに激怒する星刻だが、一人の力では天子を救うことが出来ない。その時、この状況を読んでいたゼロがすべてを覆す。

　ブリタニア帝国の第１皇子オデュッセウスと中華連邦の天子の結婚に対し、合衆国日本の不利になると断じたゼロは結婚式の会場から天子を攫う。天子を取り戻すために高性能KMF神虎でゼロを追う星刻に、カレンが捕らわれてしまう。

　村を支配する任大佐の罠で、包囲されたかのように見えた零番隊だったが、ベニオの活躍のより、形成を逆転し、勝利する。

　100万人のゼロ作戦で、中華連邦の協力の下、蓬莱島へと渡った黒の騎士団。ベニオは適正と前回の太平洋上での戦闘を評価され、零番隊に編入される。その初任務となるのが、中華連邦軍に虐げられた村への武力介入だった。

　バベルタワー事件でカラレス総督を失ったエリア１１に新たな総督が就任する情報を得た黒の騎士団は、ゼロの指揮の下、太平洋上で新総督ナナリー・ヴィ・ブリタニアの拿捕に乗り出す。

　ゼロの復活を機に、黒の騎士団へと入団したベニオは、適正検査のために模擬戦に参加する。徐々にその才能の片鱗見せるベニオの高いナイトメア操縦技術に感心するカレン。適性試験を受け持つサヴィトリは、黒の騎士団の正規メンバーとの模擬戦を行う。

　ブラックリベリオンが失敗に終わって数か月。各地を転々としていたベニオは、グジャラートで甲壱型腕装備の紅蓮弐式を受領して日本に戻ってきたカレンとコウベ租界で偶然出会う。港で下働きをするベニオは輸送のため隠されていた紅蓮弐式を見つけてしまい、カレンにスパイと疑われてしまう。

　時は少し遡る。エリア１１の副総督である第３皇女ユーフェミア・リ・ブリタニアは、日本人が差別されることなく生活できる「行政特区日本」を提案、その式典にまだ幼さの残る少女、朱城ベニオも参加していた。希望に満ち溢れる式典に参加した日本人たち。しかし、その希望はユーフェミアが放った一発の銃弾によって絶望へと変わる。